湖南大学彭绍亮获国家专利权
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龙图腾网获悉湖南大学申请的专利一种测序FASTQ文件质量分数序列的稀疏化处理方法获国家发明授权专利权,本发明授权专利权由国家知识产权局授予,授权公告号为:CN115662525B 。
龙图腾网通过国家知识产权局官网在2026-04-21发布的发明授权授权公告中获悉:该发明授权的专利申请号/专利号为:202211314013.7,技术领域涉及:G16B50/50;该发明授权一种测序FASTQ文件质量分数序列的稀疏化处理方法是由彭绍亮;何芒芒;刘文娟设计研发完成,并于2022-10-25向国家知识产权局提交的专利申请。
本一种测序FASTQ文件质量分数序列的稀疏化处理方法在说明书摘要公布了:本发明公开了一种测序FASTQ文件质量分数序列的稀疏化处理方法,包括:S1、从FASTQ文件中提取质量分数数据流;S2、将待处理的所述质量分数数据流分为多个片段,每个片段包含n个字符;S3、设定相似性计算的滑动窗口大小为m个字符,每m个字符都被分为个片段,并进行个片段之间的相似性度量;S4、设定阈值e,将相似性度量后平均相似度结果大于等于e时的两个片段进行相互替换,得到替换后的质量分数数据流。本发明可以通过质量分数数据流的稀疏化的预处理,将其复杂性降低,从而降低FASTQ文件的压缩率。
本发明授权一种测序FASTQ文件质量分数序列的稀疏化处理方法在权利要求书中公布了:1.一种测序FASTQ文件质量分数序列的稀疏化处理方法,其特征在于,包括以下步骤: S1、从FASTQ文件中提取质量分数数据流; S2、将待处理的所述质量分数数据流分为多个片段,每个片段包含n个字符; S3、设定相似性计算的滑动窗口大小为个字符,每个字符都被分为个片段,并进行个片段之间的相似性度量; S4、设定阈值e,将相似性度量后平均相似度结果大于等于e时的两个片段进行相互替换,得到替换后的质量分数数据流; 所述步骤S3中采用基于余弦相似性的相似度度量方法,其公式为: 式中,和分别是两个片段中第个质量分数的ASCII编码值,分母是质量分数可得到的最大差值,参数用于放大差异信号,。
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